默克限制性內(nèi)切酶是一類能從DNA分子中間水解磷酸二酯鍵,從而切斷雙鏈DNA的核酸水解酶。它們不同于一般的脫氧核糖核酸酶（DNase）,它們的切點大多很嚴(yán)格，要求專一的核苷酸順序——識別順序。長期以來，難以深入研究的DNA大分子,借此可以切割成特定的小片段來分析。限制性核酸酶的發(fā)現(xiàn),為基因結(jié)構(gòu)、DNA堿基順序分析和基因工程的研究開辟了途徑。
能將外來的DNA切斷，即能夠限制異源DNA的侵入并使之失去活力，但對自己的DNA卻無損害作用，這樣可以保護(hù)細(xì)胞原有的遺傳信息。由于這種切割作用是在DNA分子內(nèi)部進(jìn)行的，故名默克限制性內(nèi)切酶。
影響內(nèi)切酶活性的因素有多種，稍有不慎，可能就會導(dǎo)致酶切反應(yīng)的失敗，除了常見的底物濃度、反應(yīng)溫度等因素，還有以下三種需額外注意。
1、保護(hù)堿基
酶蛋白在進(jìn)行切割時，需占據(jù)識別位點兩邊的若干個堿基，被稱為保護(hù)堿基。
2、質(zhì)粒高級結(jié)構(gòu)
部分默克限制性內(nèi)切酶無法切割高級結(jié)構(gòu)的質(zhì)粒，這時候就需適當(dāng)加大酶的使用量，或用可適應(yīng)高級結(jié)構(gòu)的限制酶線性化質(zhì)粒后再行切割。
3、甲基化保護(hù)
甲基化是細(xì)菌用來保護(hù)自己的基因序列不被內(nèi)源性內(nèi)切酶切割的一種機(jī)制。常見甲基化：Dam+、Dcm+、EcoKI+、EcoBI+與CpG（真核細(xì)胞）等。在實驗中一定要注意宿主細(xì)胞的甲基化信息。
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